L'histoire se déroule sur Spira, un monde en grande partie envahi par les eaux. Il y a 1000 ans, une guerre eclata entre Bevelle et Zanarkand: la guerre des machines. C'est alors qu'une entité maléfique du nom de Sin est apparue, détruisant la technologie. Depuis Sin est toujours là, causant la terreur aux populations désarmées face à ce fléau. Une nouvelle religion est née, pronant les préceptes de Yevon, interdisant toute technologies. Selon ces préceptes, la seule solution pour vaincre Sin est de faire appel à l'Invocation Finale.